依据GB/T 19011标准，结合审核中审核员发现客户运行过程中与其中一个管理体系准则不符合时，审核员应（）。

依据GB/T 19011标准，当审核员在审核过程中发现客户运行与其中一个管理体系准则不符合时，应考虑到这一审核发现对其他管理体系中相应或类似准则的可能影响。因此，正确答案为C。其他管理体系是相互关联的，当一个管理体系出现不符合时，需要考虑对其他管理体系的影响。其他选项没有涉及到这一点，故排除。