组织如果确定有必要对质量管理体系做出变更，变更应（）进行。

根据GB/T19001-2016标准中的要求，当组织确定需要对质量管理体系进行变更时，变更应按所策划的方式实施。因此，正确答案是A，即按照所策划的方式进行变更。其他选项如产品设计策划、考虑其他文件的规定、按照管理评审的输出进行变更等，均未在标准中明确提及作为质量管理体系变更的必备要求。